斗罗大陆3龙王传说故事结束一万年后，冰化了，斗罗联邦科考队在极北之地科考时发现了一个有着金银双色花纹的蛋，用仪器探察之后，发现里面居然有生命体征，赶忙将其带回研究所进行孵化。蛋孵化出来了，可孵出来的却是一个婴儿，和人类一模一样的婴儿，一个蛋生的孩子。
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爱丽儿是海中一条自由自在的小美人鱼，她向往自由，海底的世界似乎她看得有点厌了。这天，她突发奇想，想冲出海底，看看陆上精彩的世界。于是，她就真的冲破了美人鱼的限制，浮上了海面。当她看到了英俊的王子时，她彻底被征服了。为了能和王子相爱，小美人鱼爱丽儿决定以自己美丽的歌声为代价，换取一双平常人类女子的腿。在好朋友的支持和鼓励下，爱丽儿不顾一切向着自己的梦想出发！
弗兰克（比尔·默瑞 Bill Murray 饰）是一个普通的动物园管理人，某一天，他误食了一枚被猴子啃过的苹果，一种名叫瑞克斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 配音）的病毒就这样来到了弗兰克的体内。同样是在这里，存在着一只名为奥兹（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）的白血球，这是一只特立独行的白血球，它并不满足于平庸的日常，而是想要活出精彩，活出新意。
三年前的 8 月 31 日，突如其来的“侵略者”，—艘巨大的“母舰”降落至东京上空，世界似乎迎来了终结……在那之后，绝望融入了日常生活，巨大的圆盘飘浮在上空的世界持续到现在。小山门出、中川凰兰两个高中少女，在这个走向终结的世界中，挥洒着自己的青春时代。
故事讲述了茫茫大海中的一个黑暗丛林里，年轻的男孩马可正在逃离可怕的巫师和他的猿猴军队。逃跑途中，马可偷到一颗能够在满月时分实现愿望的魔法钻石。但不久之后，名声狼藉的剑齿虎船长听说了这颗神奇的钻石，决定率领海盗团将这颗钻石夺走……
