二十年前，世界各地突然出现了为数众多的“灵墟大门”，从中喷涌而出的灵气会让接触到的人觉醒异能。这些觉醒了异能的人，被称之为“灵武者”。与这其中，“空间系”灵武者因为在“兽潮劫难”的突出表现以及其觉醒人数的稀少，成为了最强的代名词。江南在灵州江城的孤儿院长大，从小立志成为最顶级的灵武者，十六岁的他觉醒了最强且最稀有的空间系异能，成为灵洲第二个空间系异能者。本作品的故事就从这里开始……
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在浩瀚的宇宙深处，驻扎在某小行星的地球联邦军队凯西堡垒遭到宿敌虫子大军的攻击。强袭舰雅丽莎号的彪勇战将奉命救援，在这个沦陷的基地内，却发生令人费解的一幕。超能力战略官员卡尔·詹金斯博士将卡门所负责的战列舰约翰·A·沃顿号的指挥权夺走，不知下落。战争的最后，雅丽莎号的战士们救出幸存者，小星星也在爆炸中灰飞烟灭。为了查清消失的战列舰的下落，强尼·瑞克命令返航途中的雅丽莎号迅速掉转船头，追赶约翰·A·沃顿号。效用彪悍的勇士们合二为一，开始了新的漫漫征途……
故事承接《鬼灭之刃 柱训练篇》。
